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Nombre del programa	Distribuidor	Plataforma de uso	Funciones del programa
2D (2 dimensional Finite Diffence)	Hartree-Fock Program		Programa para dinámica molecular
AccuModel	MicroSimulations	Windows95/NT, PowerMac	Modelado molecular para diseño molecular con MM3
Alchemy 2000	Cherwell Scientific	Windows 3.x y 95	Modelado molecular que incluye mecánica molecular y visualización para moléculas pequeñas y macromoléculas. Incluye herramientas de análisis como base de datos local, hoja de cálculo y graficación
Amber	Oxford Molecular	Código fuente en fortran y C	Campo de fuerza para la simulación de biomoléculas
AM 2000	AM Technologies, Inc.	UNIX	Software para modelado macromolecular
ANTAS (software)			Ligas con software para Química computacional, Visualización animación, editores moleculares y convertidores.
ANTAS (links)			Ligas para Química computacional y modelado molecular.
BABEL	University of Arizona	Unix (AIX, Ultrix, Sun-OS, Convex, SGI, Cray, Linux),MS-DOS, and Macs running at least System 7.0.	Babel es un programa diseñado para interconvertir numerosos archivos a formato de uso común en modelado molecular
CAChe Satellite	Oxford Molecular	Windows	Desplegado molecular, acceso a través de red, cálculo de propiedades químicas
CHARMM	Harvard University	Fortran	Mecánica y dinámica molecular para macromoléculas
Chem123	MicroSimulations	Windows95/NT	Modelado molecular para diseño molecular
CORINA	Computational Chemistry Center Erlangen	SGI (R4400), IRIX 5.3	A rule and data based system, that automatically generates three-dimendional atomic coordinates from the constitution of a molecule as expressed by a connection table, powerful and reliable to convert large data bases or several hundreds of thoysand or even million of compounds.
DelPhi (versión académica)	Columbia University	Código fuente	Soluciona la ecuación de Poisson-Boltzmann, que es usada para obtener campos electrostáticos y potenciales de biomoléculas. Calcula energías de enlace de fármacos potenciales que pueden ser rediseñados para una unión óptima con la biomolécula blanco.
DL_POLY	Daresbury Laboratory, UK	Código fuente	Paquete de simulación de dinámica molecular paralelo.
Fantom	University of Texas Medical Branch at Galveston, Human Biological Chemistry and Genetics Department	Código fuente para UNIX	Calcula conformaciones de polipéptidos y proteínas de baja energía conformacional con restricciones de experimentos de RMN. Además, modelado molecular.
Galaxy	AM Technologies, Inc.	SGI, IBM RS/6000	Modelado molecular y diseño de fármacos tanto para molécula pequeña como para estructura de proteína
GETAREA 1.0 beta	University of Texas Medical Branch at Galveston, Sealy Center for Structural Biology	Código fuente para UNIX	Calcula el área de superficie accesible en solventes, energia de solvatación atómica y los gradientes para macromoléculas
GMMX	Serena Software	SGI	Minimización de energía estérica con el campo de fuerza MMX
Gromacs 1.3	University of Groningen	UNIX, código fuente en C	Dinámica molecular en paralelo
GROMOS	Cray Research, Inc.	UNICOS/Cray	Dinámica molecular para el estudio de sistemas biomoleculares cuyo propósito es simular moléculas arbitrarias en solución o en estado cristalino por dinámica molecular o dinámica estocástica
Hingefind	University of Illinois at Urbana-Champaign	UNIX	Programa para investigar movimientos de dominios en proteínas
HyperChem	Hypercube, Inc.	Windows	Mecánica molecular
ICM 2.7	Molsoft, LLC.	SGI, DEC, Windows 95	Modelado molecular y optimización de geometrías en sistemas multimoleculares colocados arbitrariamente. Predicción de rearreglos moleculares en biopolímeros
Insight/Discover	Molecular Simulations	SGI	Modelado molecular
Interchem	Interprobe Chemical Services	SGI	Modelado molecular con mecánica molecular y cuántica para sistemas pequeños y grandes
MacroModel 6.0	Department of Chemistry, Columbia University	SGI, IBM RS/6000, X	Modelado de moléculas orgánicas y bioorgánicas. Mecánica y dinámica molecular
MicroSimulations	MDL Information System, Inc	Windows, Mac	El software trabaja de manera similar a Ass-In de ISIS dibujando compuestos químicos y se pueden visualizar en 3D.
ModelMaker	CherwellScientific	Windows	Es un poderoso sistema de ventanas para diseñar, analizar y modelar procesos y sistemas.
Molecular Operating Environment (MOE)	chemical Computing Group INC.	Mac	MOE shall be a computerizad enviroment dedicated to computational chemistry and bioinformatics in which scientific methodology can be rapidly protetyped, experimented with, verifier, deployed and effectively used.
Moldy	keth Refson, University Research Assitant in mineral Physics.	UNIX, PCs	Es un programa que tiene el propósito de hacer simulaición por dinámica molecular.
Molecular Modelling Toolkit (MMTK)	Python	Mac	The Molecular Modelling Toolkit (MMTK) is a program library for molecular modelling applications. Its aim is to provide researchers, especially those working on the development of new modelling methods, with a code basis that can be easily extended and modified to deal with standard and non-standard problems in molecular modelling.
MM3	QCPE	IBM RS/6000 (aix), SGI (irix), Digital Alpha (osf), DEC (ultrix)	Mecánica molecular/Allinger
Modeller	Lab of Molecular Biophysics at Rockefeller University	UNIX	Programa para homología y modelado comparativo de estructura tridimensional protéica
MOIL-View 8.0	University of California at San Francisco	SGI, IBM RS6000, código fuente en fortran	Programa para visualizar y analizar estructuras, y dinámica molecular
Molgen	Universität Bayreuth	C, C++, OS/2, Windows, SUN Solaris/Motif	Elucidación de estructura química: generador de isómeros configuracionales, minimización por mecánica molecular
Molgen	Universität Bayreuth	DOS	Elucidación de estructura química: generador de isómeros configuracionales, minimización por mecánica molecular
Molgen	CCL	DOS	Elucidación de estructura química: generador de isómeros configuracionales, minimización por mecánica molecular
MSI Web Lab Viewer	WebLab	PC, Macintosh, UNIX	MSI es un método para simular via browsera de World Wide Web
NAB 1.1	Scripps Research Institute	UNIX	Lenguaje de manipulación: modelado de ácidos nucléicos
NAMD	Theoretical Biophysics Group, Beckman Institute	Código fuente en C++	Dinámica molecular: paralelo, orientado a objetos, para simulaciones de sistemas moleculares biológicos
Nemesis	Oxford Molecular	Windows, Mac	Modelado molecular, búsquedas conformacionales
PCMODEL	Serena Software	SGI	Modelado molecular
PIFF	Interprobe Chemical Services	SGI	Mecánica molecular con campo de fuerza PI-Force-Field: diseñado para moléculas con electrones pi deslocalizados
PIMM		SGI, IBM y DEC workstations, IBM3093, i386 pc's	Es un programa que combinación de SCF y mecánica molecular para molecular orgánicas y complejos con parametros.
Quanta - CHARMm	Molecular Simulations	SGI	Modelado molecular
Sculpt	Interactive Simulations	SGI, Mac	Modelado molecular, simulación y diseño de fármacos
Spartan - MM3	Wavefunction Inc.	SGI, IBM RS/6000, DEC Alpha, HP Apollos, Mac	Modelado molecular, incluye mecánica molecular
STR3DIMW	Exorga, Inc.	DOS, Windows	Modelado molecular con campo de fuerza QVBMM para moléculas bioorgánicas como sacáridos, amino ácidos, nucleósidos y sus polímeros
Sybyl	Tripos	UNIX	Modelado molecular
SymApps 1.0	Cherwell Scientific	Windows 95 o NT	Programa para diseño y visualización de moléculas. SymmApps es ideal para presentaciones y publicaciones.
TINKER	Washington University School of Medicine in St. Louis, Missouri	Código fuente en fortran 77	Mecánica molecular con los potenciales de MM2, MM3, AMBER-95, AMBER/OPLS, CHARMM22 y el propio de TINKER. Dinámica molecular
VMD (Visual Molecular Dynamics)	Beckman Institute	SGI. Puede ser compilado para HP-UX, AIX.	Dinámica molecular: visualización y análisis.
Xmol ver 1.5	Network Computing Sevices, Inc.	DEC Alpha, SGI IRIS-4d, IBM RS/6000, Linux Windows y Macintosh	Paquete de modelado molecular en 3D con animaciones y cálculos de distancias entre átomos, ángulos de enlace y ángulos torsionales
Yak	Swiss Federal Institute of Technology, ETH Zürich	UNIX	Modelado con seudo-bioreceptor: con el concepto de seudoreceptor se construye un modelo de receptor que imite las interacciones ligando macromolécula